Jan Jakub Kolski przenosi nas do zapomnianej wioski, gdzie cuda dzieją się tuż obok codziennej krzątaniny. Młody ksiądz Jakub (Adam Kamień) obejmuje swoją pierwszą parafię i szybko przekonuje się, że wierni nie słuchają kazań, lecz wypatrują znaków z nieba. Kiedy kelnerka Grażynka niespodziewanie dostaje stygmatów, w ludziach budzi się zbiorowa gorączka. W świetle świec i zapachu mokrej ziemi kapłan zaczyna kwestionować własne powołanie, a uczucie do uznanej za „gorszącą” dziewczyny tylko komplikuje sytuację. Kolski miesza realizm magiczny z humorem i czułością do prowincjonalnych dziwactw: trzmiel w kloszu lampy, procesję z wiadrem święconej wody czy rubaszność starego proboszcza (Krzysztof Majchrzak). „Cudowne miejsce” to film o wierze i zwątpieniu, pokazujący, że cud może być wielkim skandalem — i wielką szansą na odkupienie.